港铁表示，一直在持续提升车站出入闸机的自动收费系统功能。港铁出入闸机的自动收费系统，现时可支援八达通、二维码车票、感应式信用卡及实体和电子单程票。

新增的「全国交通一卡通」是可于全国300多个城市支付乘搭各种交通工具的互联互通卡，卡面印有「交通联合」标志。由3月22日起，港铁重铁网络每个车站（机场快线车站除外）会有最少两部出入闸机，配备「全国交通一卡通」支付功能。这些闸机均贴有「交通联合」标志，乘客只需将「全国交通一卡通」于闸机上的八达通读写器拍卡，便可出入闸。

港铁公司常务总监、香港客运服务杨美珍表示，铁一直积极致力提升服务，透过提供更多付费选择及更多元化的服务，便利包括访港旅客在内的不同乘客。

乘客使用「全国交通一卡通」乘搭港铁，车费与成人八达通的车费相同，车费将从「全国交通一卡通」的人民币储值额中扣除，并经由八达通读写器兑换港币结算。出闸时，闸机萤幕只会显示该程扣除的港币车费。

乘客以「全国交通一卡通」在港铁付费乘车，必须确保其卡的余额不少于人民币50元方可入闸，港铁站未能提供人民币增值服务。

使用「全国交通一卡通」乘搭港铁只适用于重铁网络，不适用于机场快线、轻铁、港铁巴士、港铁接驳巴士及东铁线头等。

一般情况下，所有香港以外城市的乘车优惠、港铁车费优惠及政府公共交通费用补贴计划均不适用。同时，「全国交通一卡通」亦不适用于乘坐东铁线头等，如欲乘搭必须选择使用其他支付方式出入闸。